核苷(酸)类药物联合的原则是“无交叉耐药位点的核苷(酸)类药物联合”。也就是说，拉米夫定、替比夫定、恩替卡韦其中之一，与阿德福韦酯或替诺福韦酯其中之一联合。因为拉米夫定、替比夫定、恩替卡韦属于核苷类药物，阿德福韦酯和替诺福韦酯属于核苷酸类药物，它们之间无交叉耐药位点。

联合治疗有两种情况：一是初始联合(即一开始抗病毒就联合用药)，二是耐药后联合。

我国新发布的2010年版《慢性乙型肝炎防治指南》中谈到对核苷(酸)类药物联合治疗时说：“关于联合治疗：对合并HIV感染、肝硬化及高病毒裁量者，宜选用强效低耐药的药物，或尽早采用无交叉耐药位点的核苷(酸)类药物联合治疗。”

联合治疗可增加抗病毒的疗效，且减少耐药的发生。但是，目前上市的药物无论其抗病毒作用多么强大，都不能把乙肝病毒从体内完全清除，只能是抑制病毒的复制。12%的病人早期即可获得满意疗效，在治疗两年后停药，并保持持久的疗效；88%的病人常常需要5年，甚至更长时间的治疗。长期联合用药，病人的经济负担可想而知。另外，“是药三分毒”，联合用药也有可能增加不良反应发生的风险。因此，不是所有患者都需要联合治疗。

2010年《慢性乙型肝炎防治指南》中提出三类患者可以初始选择联合治疗：一是艾滋病感染者，因为艾滋病感染者常常同时使用或将来有可能进行被比喻为“鸡尾酒”的“高效抗逆转录病毒治疗”，这种治疗中选择的某些药物也具有抗乙肝病毒作用，有可能导致乙肝病毒的耐药。因此，艾滋病感染者最好有时需要联合治疗(见第120条：乙型肝炎与艾滋病合并感染的患者应如何治疗)。二是肝硬化患者，因为肝硬化患者的肝脏已经被病毒破坏得不堪一击了，一旦发生耐药，常会导致肝衰竭，为了减少耐药的发生，可以选择联合治疗。三是HBV DNA复制量较高的患者，这类患者治疗6个月或1年时，病毒DNA常常不容易转阴，将来容易发生耐药，因此也可以考虑选择联合治疗。但联合治疗也需要因人而异。

但我国2010年《慢性乙型肝炎防治指南》非常强调耐药后联合用药。因为，已经有研究证明，对一种药物耐药后，改用一种药物单药治疗有可能产生更多种类的耐药病毒，因此建议在一种药物耐药后“尽量避免单药序贯治疗”。