影响乙肝疫苗接种应答的原因很多，有疫苗的原因，也有人体本身的原因。

　　首先，与疫苗剂量不足有关。我国乙肝疫苗多年来接种的情况来看，使用重组酵母乙肝疫苗10微克剂量接种的效果明显好于5微克的剂量。因此，我国2010年版《慢性乙型肝炎防治指南》将2005年时推荐的5微克的剂量增加至10微克。

　　第二，与疫苗保存和接种的质量有关。我国河南、上海、湖南等地的调查显示，农村的乙肝疫苗接种后应答率都明显低于当地城市，认为可能与农村疫苗存放条件和接种管理等因素有关。

　　第三，与遗传因素有关。我国多项关于乙肝疫苗无应答或低应答原因的调查发现，父母接种乙肝疫苗后不产生抗体，其子女无应答或低应答的发生率高。父母有乙肝病毒感染的，子女对乙肝疫苗的应答较差。有研究显示，没有乙肝病毒感染的母亲的新生儿使用重组酵母乙肝疫苗5微克接种，低应答率约为15％，无应答率约为2%；而乙肝病毒感染的母亲所生的孩子低应答率约为20%，无应答率约为17%，孩子可从父母那里继承对乙肝疫苗较差的免疫反应。

　　第四，已被乙肝病毒感染。医生在调查乙肝疫苗无应答或低应答原因时发现，无应答者中大约20%已经被乙肝病毒感染，其中绝大多数为母婴传播。已经感染了乙肝病毒者当然不会对乙肝疫苗产生应答了。

第五，患有一些影响机体免疫系统的疾病，如艾滋病、糖尿病、肿瘤等，导致机体免疫功能低下，接种乙肝疫苗后应答也较差。