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乙型肝炎病毒目前发现至少有9个基因型，为了辨认，人们用英文字母给它们编排成A、B、C、D、E、F、G、H、I——9个基因型。不同的基因型在全球流行的分布不同（见图）。
我国流行的乙肝病毒以B型和C型为主，而欧洲和美国等西方国家多为A型。流行病学研究显示：乙肝病毒B基因型感染者比C基因型的感染者较少发展成慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌。不同基因型的乙肝病毒对干扰素治疗的反应也不同。A基因型疗效最好，其次是D基因型，然后是B基因型，最难治疗的是C基因型。我国的乙肝病毒感染者中，C基因型为占60%，B基因型约30%；南方以B基因型为主，北方以C基因型为主，另有少数为D基因型和B+C混合基因型感染。因此，我国的慢性乙型肝炎比西方国家更难，干扰素的疗效较差。
不过，现在大多数乙型肝炎患者都服用核苷(酸)类药物治疗。核苷(酸)类药物无论对哪种基因型的疗效都很好，疗效没有明显差异。即使用干扰素治疗，也可以通过一些化验指标来预测疗效。我国2015年《慢性乙型肝炎防治指南》提出HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇化干扰素α治疗的患者在治疗前的预测因素有5条：（1）HBV DNA<2×10的8次方 IU/ml；（2）高ALT水平；（3）基因型为A或B型；（4）基线低HBsAg水平；（5）肝组织炎症坏死G2以上。这5条中，除了第3条外，其他4条如果符合，也可以用干扰素治疗。
由于检测乙肝病毒的基因型对治疗方案的影响不大，而检测乙肝病毒的基因型还要花很多钱，并且尚需要等待较长的时间才能回报检测结果。因此，如果不是临床研究需要，乙肝病毒感染者要治疗前不必非要检测乙肝病毒的基因型。
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