在应用核苷类似物开始治疗的前3个月，最好每月检测一次肝功能(包括ALT、AST、胆红素、白蛋白等)和HBV DNA。大约有20%左右的患者在这个阶段会出现一过性转氨酶升高，但HBV DNA明显降低。这正是机体在药物作用下清除乙肝病毒的结果，绝大多数病人无须特殊处理，继续治疗后肝功能自动恢复。极少数病人肝病加重。如果转氨酶升高的程度高于正常值上限10倍以上或出现黄疸，应嘱咐病人适当休息，并给予一些抗炎保肝药物。

治疗3个月后可以每3个月进行一次肝功能和HBV DNA的检测。一般在治疗3、6和12个月，根据血清HBV DNA水平判断疗效。如果3个月时血清HBV DNA即下降至阴性，说明疗效很好，这样的患者以后很少发生耐药，且容易发生e抗原的血清学转换；如果治疗6～12个月，患者的乙肝病毒DNA水平未见下降，说明这种抗病毒药物无效，就应该更换其他抗病毒药物治疗。e抗原阳性的患者在HBV DNA阴转后，除了每3个月复查一次肝功能和血清HBV DNA水平外，还要每3～6个月检测一次乙肝五项，观察何时出现e抗原血清学转换，监测病毒学和肝功能是否出现反弹，以便及早发现病毒变异。如果用药期间出现HBV DNA和丙氨酸转氨酶的反弹，可能是病毒发生了变异，对药物产生了耐药性。

尽管这些新的核苷(酸)类似物都很安全，但由于第一代核苷类药物曾观察到对细胞线粒体的损伤，因此如果患者发生可疑胰腺炎或肌炎的症状也应该进行淀粉酶、脂肪酶和肌酸激酶的检查。服用阿德福韦酯治疗的病人应定期检测肾功能和血磷。这些核苷(酸)类似物大多是新上市不久的新药，医生们还有责任去发现一些在前期临床试验中没有观察到的未知不良反应，如果发现病人出现可疑症状，应进行详细检查，判断不良反应与药物的相关性，发现问题应及时向药监部门报告。